El seguimiento del impacto del baño en el río Manzanares evalúa el estado ecológico del río en varios tramos, con el fin de determinar el grado de impacto sobre el ecosistema fluvial, así como la evaluación de la efectividad de las medidas de gestión adoptadas en el año 2016.
Las poblaciones de cabra montés de la sierra de Guadarrama mostraron en las primeras tres décadas desde su introducción un crecimiento desmesurado en el número de ejemplares que provocaron alcanzar valores de abundancia muy por encima de los parámetros naturales mostrados por la especie en otras zonas del territorio nacional.
La sierra de Guadarrama alberga una elevada diversidad de poblaciones de odonatos. El seguimiento de sus poblaciones nos permite evaluar las tendencias poblacionales y tomar las medidas de gestión adecuadas para su conservación.
El parque nacional da especial importancia al seguimiento de las poblaciones de corzo ya que este cérvido constituye una parte importante de la dieta de especies protegidas como el lobo y otros grandes depredadores como el águila real, siendo además un indicador de los usos del territorio y un recurso cinegético en la Zona Periférica de Protección de este espacio protegido.
Las poblaciones de buitre negro de la sierra de Guadarrama se reparten entre dos ZEPAS inmersas en el Parque Nacional, con poblaciones en Rascafría, Valsaín, río Moros, Pirón y Navafría.
El incremento en el número de visitantes hace necesaria un seguimiento y regulación del Uso Público cuyo principal objetivo es asegurar la compatibilidad entre el disfrute de los usuarios y la conservación del medio natural.
La Red de Seguimiento Ecológico de cursos fluviales de la Sierra de Guadarrama tiene como objetivo detectar aquellos tramos en los que pudiera verse alterada la calidad ecológica de los ríos de la asierra.
El seguimiento limnológico tiene como objetivo evaluar el estado ecológico de los humedales y disponer de un sistema de alerta temprana frente a impactos o alteraciones en estos ecosistemas